Экипаж космического корабля возвращается на землю. На спускаемом аппарате обнаружены значительные внешние повреждения не совместимые с жизнью космонавтов, но не смотря на это, они живы. Более того, ни на одном из них нет ни единой царапины. Все органы функционируют нормально. Единственная проблема, все они находятся в коме, и врачам не удаётся вывести их из этого состояния. Кроме того, у них в крови обнаружено странное вещество, аналогов…

Спустя два года после ухода Мотоко Кусанаги из 9 отдела, команда сталкивается с новым делом, в центре которого фигурирует таинственный хакер по прозвищу Кукловод. Расследование массового похищения детей приводит к теневой организации, называемой Сообщество Крепкого Государства. Ниточки глобального заговора сводят вместе старых коллег, заставляя вновь делать непростой выбор между законом и справедливостью.

На буровой вышке геологи ведут разведывательные работы, пытаясь найти месторождение нефти, но поиски оказываются неудачными. Они получают приказ начальства свернуть разведывательную деятельность и вернуться на сушу. Для надзора за эвакуацией сотрудников из штаба пребывает Чон-ман, один из старейших и опытнейших специалистов компании. Однако решение начальства не нравится инженеру Хэ-джун, которая уверена, что в данном районе есть нефть. Ситуация…

Фильм рассказывает историю Джуди Эллиот. Молодая женщина, которая пытается найти свою дочь в городе контролируемым, чужой армией. Нефилимы были упомянуты в Библии, как раса падших ангелов, которые охотились на человечество. Теперь они вернулись, чтобы проводить генетические эксперименты.