События разворачиваются в 2265 году в придорожном кафе. Вот только кафе это непростое. Находится оно у главной галактической магистрали между Землей и космической колонией.

История о двух противоположностях, объединившихся по необходимости. Каждый персонаж является самостоятельной формой жизни, одна из которых органическая, а другая — механическая, но вместе они могут больше.

Обычная японская школьница Мицуко вместе с классом отправляется на экскурсию. Ребята едут в автобусе, шумят и толкаются — Мицуко роняет ручку на пол, наклоняется за ней, и в этот момент некая невидимая сила разрезает автобус напополам. Всех убило, а Мацуко осталась живой и невредимой. Может быть наша героиня не совсем обычная школьница, как она о себе думает, и её жизнь совсем не такая, как у остальных людей?

После окончания очередной мировой войны наука сделала невероятные шаги — теперь каждый человек может продлевать свою жизнь с помощью кибернетических частей тела. Все жители планеты связаны в общую сеть под названием Призраки, и широко распространились кибератаки на отдельных людей с целью кражи их памяти и тел. После убийства премьер-министра Японии майор Мотоко Кусанаги и её Девятый отдел выходят на след киберпреступников.

На мир обрушился апокалипсис. Он унёс множество человеческих жизней, многих людей превратил в мутантов-вампиров, которые охотятся только ночью. Планета практически истощена и напоминает пустыню. Выжившие стали объединяться в кочующие банды в поисках оставшихся источников пресной воды и еды. Эти банды начали войну друг с другом. В добавок ко всему мутанты-вампиры стали адаптироваться к дневному свету.

Изобретатель практически закончил свою главную работу — машину, которая поможет производить сновидения. От того, насколько успешным будет изобретение ученого, зависит не только жизнь его умирающей дочери, но, как выясняется, и его жизнь тоже.